기미와 주근깨가 생기는 직접적인 원인은 같다. 바로 멜라닌 색소의 과잉이다. 하지만 이 둘의 차이는 멜라닌 색소를 분비하는 요소가 다르다는데 있다. 멜라닌은 햇빛에 의해 분비되는 것으로 알려져 있다. 하지만 그 외에도 유전적인 요인이나 호르몬 요인도 관여를 한다. 이때 기미는 호르몬적인 요인이 더 큰 작용을 하고 주근깨는 유전적인 요인과 더 밀접한 관련이 있다. 

우선 기미와 주근깨는 색소침착이 일어나는 위치가 다르다. 기미는 피부의 깊숙한 진피층부터 표피층까지 고르게 분포한다. 때문에 한번 생긴 기미는 자외선의 양과 건강 상태에 따라 색소침착이 더 짙어지거나 옅어질 뿐 자연적으로 사라지는 경우는 드물다. 반면, 주근깨는 피부의 표피층에만 자리하는 것이 일반적이다. 따라서 기미와 다르게 자연적으로 조금씩 사라지기도 한다.

발생 원인도 다르다. 기미는 여성호르몬인 에스트로겐이 활발하게 생성되는 시기에 생기기 쉽다.

초이스피부과 최광호 대표원장은 "에스트로겐이 멜라닌 세포를 자극해 색소를 증가시키고 프로게스테론이 색소의 확산을 자극하기 때문에 임신, 피임약 복용, 난소나 내분비 질환 등에 의해 생기는 경우가 많다"고 설명했다.

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